1039违章代码是指机动车违反规定在高速公路上行驶的行为，被查到后将会被扣除6分，并罚款200元。对于被扣分的驾驶员来说，如何处理这个问题呢？

首先，被扣分的驾驶员需要及时缴纳罚款，否则将会影响到车辆的年检、车辆违章查询等方面的使用。同时，驾驶员还需要根据违章代码1039的情况及时进行整改，避免再次出现同样的违法行为。

其次，被扣分的驾驶员还可以选择进行交通安全教育，参加相关的交通安全培训，提高自己的安全意识和遵守交通规则的能力。同时，还可以通过参加驾驶员考试等方式增强自己的驾驶技能和安全意识。

最后，被扣分的驾驶员还可以选择通过各种手段进行申诉，如向交通管理部门提出书面申诉、通过法律途径进行维权等方式，争取减少或取消被扣分的情况。但需要注意的是，这些途径需要具备一定的法律知识和技巧，需要谨慎处理。

总之，对于被扣除6分的驾驶员来说，处理违章代码1039的问题需要及时、全面、合理地进行，避免给自己带来不必要的麻烦。同时，更要时刻保持安全意识，严格遵守交通规则，为自己和他人的生命安全保驾护航。